Organizações de Hoenn

As equipes Aqua e Magma aparecem nas versões Ruby, Sapphire e Emerald dos jogos Pokémon correspondentes à terceira geração. Seus roles são diferentes através das três versões deste jogo.

Em Ruby, a Equipe Aqua se há amigo do protagonista e tenta deter à Equipe Magma de conquistar o mundo. Magma tem vários complôs, todos eles envolvem expandir a massa de terra para que assim mais Pokémon possam viver na terra. O líder, Maxie, tomada a Esfera Vermelha do Monte Pírico (Mt. Pyre). Se diz que a Esfera Azul tem um grande poder e Maxie acha que pode controlar ao legendário Pokémon Groudon com dita esfera. Roubam um submarino e entram à Caverna Abissal (Seafloor Cavern), onde exitosamente despertam Groudon. No entanto, Groudon desobedece e foge. Quando Maxie sai à superfície, se paralisa ao descobrir que Hoenn se está aquecendo sob um fulminante sol. O jogador entra na Caverna da Origem e pode capturar ou conter o Groudon desequilibrado, revertendo Hoenn de volta à normalidade. A última vez que se vê Maxie é em Mt. Pyre deixando a esfera Azul e o protagonista deixa a esfera Vermelha.

Em Sapphire, as situações são inversas. A Equipe Magma se há amigo do protagonista e tenta deter à Equipe Aqua. A Equipe Aqua rouba a Esfera Vermelha para despertar o legendário Pokémon Kyogre. Em lugar de expandir a massa de terra, eles buscam expandir o mar para que assim mais Pokémon possam viver no mar. Como Groudon, Kyogre foge depois de ser despertado. E traz tempestades eternas em lugar de um sol abrasador. Como em Ruby, o jogador entra na Caverna da Origem (Origin Cave) para reverter Hoenn de volta à normalidade. A última vez que se vê Archie é em Mt. Pyre deixando a esfera Vermelha e o protagonista deixa a esfera Azul.

Em Emerald, ambas equipes são inimigas. Em Ruby e Sapphire, ambas equipes tinham seus esconderijos secretos no mar. Em Emerald, a Equipe Magma tem sua base em um lugar chamado Desfiladeiro (Jagged Pass), onde Maxie desperta Groudon e foge. Como em Sapphire, Archie rouba o submarino e vai à Caverna Abissal (Seafloor Cavern) para despertar Kyogre que também foge. Em uma curta cena, Groudon e Kyogre começam a brigar em Arrecípolis (Sootopolis City). O jogador entra na Caverna da Origem para obter informação de Wallace que revela a existência de um terceiro Pokémon que vive no Pilar Celeste (Sky Pillar), o jogador navega para lá e desperta o legendário Pokémon Rayquaza.

Rayquaza então desce e força os dois legendários a retroceder. Os Pokémon se podem capturar em Lv 70 depois de completar a Liga Pokémon (Exceto Rayquaza que se pode capturar de imediato no Sky Pillar a Lv 70 depois de resolver esta batalha). A última vez que se vê aos líderes é deixando as esferas em Mt. Pyre (em você vê de uma esfera, neste jogo se obtém o emblema Magma).

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Equipe Aqua
Equipe Magma